うーん、これは接戦だったなあ。
しかも規則性がまったくわからない。同一地域でも聞かれる人と聞かれない人がいる。果ては同じ店でも店員によって違うこともあるらしい。
で、これってそれ以外の商品の「温めますか」とはちょっと意味が違うんですね。他の弁当とかは、温めるのを前提とした商品で、それをいまここで温めるかそれとも帰ってから自分で温めるかと聞いているわけです（もちろん帰ってから冷たいまま食う人もいるかもしれないが、それでまずくても本人の責任）。
しかしおにぎりは冷たいまま食べるのを前提として作られている商品です。少なくとも、冷たいまま食べてまずかったら店の責任です。「温めますか」というのは、深い決断を迫られているといえましょう。
てなわけで何一つ意見はまとまりませんでしたが、